El ศาลเจ้าชินโต เป็นโครงสร้างที่มีวัตถุประสงค์หลักในการเก็บรักษาวัตถุมงคลไม่ใช่เพื่อการบูชา แม้ว่าจะใช้คำเดียว ("ศาลเจ้า") ในภาษาอังกฤษ แต่ในภาษาญี่ปุ่นศาลเจ้าชินโตสามารถนำไปสู่คำศัพท์ที่แตกต่างกันและไม่เทียบเท่าได้หลายคำเช่น gongen, -gu, jinja, Jingu, mori, Myojin, Taisha, ubisuna หรือยาชิโระ
โครงสร้างโดยทั่วไปแล้วสถานที่ศักดิ์สิทธิ์จะมีลักษณะเฉพาะด้วยการปรากฏตัวของก สุนัข หรือสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ที่ พระเจ้า. อย่างไรก็ตามฮอนเดนอาจจะหายไปโดยสิ้นเชิงเช่นเมื่อสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ตั้งอยู่บนภูเขาศักดิ์สิทธิ์ที่อุทิศให้และเป็นที่เคารพบูชาโดยตรง
ฮอนเดนอาจหายไปเมื่อโครงสร้างแท่นบูชาไม่ได้อยู่ใกล้ ๆ เรียกว่าฮิโมโรงิหรือสิ่งของที่เชื่อว่าสามารถดึงดูดวิญญาณที่เรียกว่าโยริชิโระซึ่งสามารถใช้เป็นตัวเชื่อมต่อโดยตรงกับคามิ อาจมีโครงสร้างแบบไฮเดนและอื่น ๆ
พ่อค้าของเก่าจิ๋วโดนเลีย โฮโคระ บางครั้งอาจพบได้ตามข้างถนน ศาลเจ้าขนาดใหญ่บางครั้งจะมีศาลเจ้าขนาดเล็กที่เรียกว่าเซชาหรือมาสชาอยู่ภายในกรอบของมัน ศาลเจ้าแบบพกพาที่ถือโดยผู้ศรัทธาที่เสาในช่วงเทศกาล (มัตสึริ) และมิโคชิเรียกว่าการถวายคามิและศาลเจ้าบางแห่ง