Isa pa sa mga mahahalagang simbahan ng Lisbon ay ang Saint Anthony (Igreja de Santo António de Lisboa) na nakatuon kay Saint Anthony ng Lisbon, na mas kilala sa buong daigdig ng Kristiyano bilang Saint Anthony ng Padua. Ayon sa tradisyon, ang simbahan ay itinayo sa lugar kung saan ipinanganak ang santo, noong 1195.
Kaugnay ng kasaysayan na si Fernando de Bulhões, Saint Anthony, ay ipinanganak sa Lisbon noong 1195, ang anak ng isang mayamang pamilya. Noong 1220, habang nag-aaral sa Coimbra, pumasok siya sa Franciscan Order, na pinagtibay ang pangalan ni Antonio. Dadalhin siya ng kanyang mga paglalakbay bilang misyonero sa Italya, kung saan siya tumira sa Padua. Dahil sa kanyang napakalawak na katanyagan, na-canonize siya mas mababa sa isang taon pagkatapos ng kanyang kamatayan, noong 1232.
Ang lugar ng tahanan ng pamilya kung saan ipinanganak si Fernando, na matatagpuan malapit sa Lisbon Cathedral, ay ginawang maliit na kapilya noong ika-15 siglo. Ang maagang gusaling ito, na walang nananatili, ay itinayo noong ika-16 na siglo, sa panahon ng paghahari ng Haring Manuel I.
Noong 1730, sa ilalim ng paghahari ni John V, ang simbahan ay itinayong muli at muling ginayakan. Sa lindol sa Lisbon noong 1755 ang simbahan ng Santo António ay nawasak, at ang pangunahing kapilya lamang ang nakatayo. Ganap na itinayo ito pagkatapos ng 1767 sa isang disenyo ng Baroque-Rococo ng arkitekto na si Mateus Vicente de Oliveira. Ito ang simbahan na maaaring bisitahin ngayon.
Mula noong 1755 isang prusisyon ang umaalis sa simbahan tuwing Hunyo 13, dumadaan sa Lisbon Cathedral at dumaan sa mga dalisdis ng kapitbahayan ng Alfama, sa malapit.
Dapat pansinin na noong Mayo 12, 1982, binisita ni Pope John Paul II ang simbahan. Pagkatapos ang isang rebulto ni Saint Anthony (ng iskultor na si Soares Branco) ay pinasinayaan sa parisukat sa harap ng simbahan at nanalangin sa silungan, na nagmamarka ng lugar kung saan ipinanganak ang santo.
