Në lindje të arkipelagut, pikërisht në zemër të Detit Filipine, në Oqeanin Paqësor, ndodhet e ashtuquajtura Hendek Filipine, një depresion oqean që qëndron mbi pjesën tjetër për thellësinë e tij.
Njihet gjithashtu si Hendeku Mindanao, për shkak të afërsisë së tij me bregun lindor të ishull mindanao, ky varr lindi si pasojë e procesi i nënshtrimit që ndodh kur përplasen dy pllaka tektonike dhe njëra zhytet poshtë tjetrës.
Hendeku ka një gjatësi prej 1320 kilometrash dhe një gjerësi afër 30 kilometrash, që shtrihet nga qendra e ishullit të Luzon deri në veri të Moluccas, tashmë në arkipelagun indonezian. Pranë hendekut është Hendeku i Lindjes Luzon, të cilët ndahen nga Rrafshnalta Benham.
Hendeku Filipine është një nga llogoret më të thella të oqeanit në botë, duke arritur në pikën e saj më të thellë - the thellësia galathea- 10.540 metra.
Padyshim, Filipinet kanë shumë tërheqje gjeografike dhe ky hendek i madh është një prej tyre, një depresion që është studiuar gjerësisht nga gjeologët dhe fizikantët për shkak të karakteristikave të tij.